Las cookies son utilizadas habitualmente por los servidores de aplicaciones para diferenciar usuarios y para actuar de diferente forma dependiendo de estos. Las cookies se inventaron para ser utilizadas en una cesta de la compra virtual, que actúa como dispositivo virtual en el que el usuario va «colocando» los elementos que desea adquirir, de forma que los usuarios puedan navegar por el sitio donde se muestran los objetos a la venta y añadirlos y eliminarlos de la cesta de la compra en cualquier momento. Las cookies permiten que el contenido de la cesta de la compra dependa de las acciones del usuario.

Un uso de las cookies es identificarse en un sitio web. Los usuarios normalmente se identifican introduciendo sus credenciales en una página de validación; las cookies permiten al servidor saber que el usuario ya está validado, y por lo tanto se le puede permitir acceder a servicios o realizar operaciones que están restringidas a usuarios no identificados.

Otros sitios web utilizan las cookies para personalizar su aspecto según las preferencias del usuario. Los sitios que requieren identificación a menudo ofrecen esta característica, aunque también está presente en otros que no la requieren. La personalización incluye tanto presentación como funcionalidad. Por ejemplo, las páginas de Wikipedia permiten a los usuarios identificados elegir un estilo de presentación a su gusto; el motor de búsqueda de Google permite a los usuarios (incluso a los no registrados) decidir cuántos resultados de búsqueda quieren ver en cada página.

Las cookies se utilizan también para realizar seguimientos de usuarios a lo largo de un sitio web. Las cookies de terceros y los errores en servidores web que se explican más abajo también permiten el seguimiento entre diferentes sitios. El seguimiento en un mismo sitio normalmente se hace con la intención de mantener estadísticas de uso, que permiten mejorar la usabilidad de la web.